二轮评估必须制定属于“自己的”评建方案和评估指标体系，依据各院校的定位和特点，在重点考察内容上实行“一校一方案”。二轮评估着重考察学校的办学定位与人才培养目标、专业结构调整、服务区域行业产业发展能力、质量保障体系建设、内涵水平和办学特色、院校治理等方面情况。学校应结合自身实际，制订具有自身特色的评建方案。评估指标体系一般应包含8个左右一级指标，其中学校治理、师资队伍、专业建设及人才培养模式、实践教学等一级指标是每个学校的评估指标体系都要包含有的，其它一级指标及所有二级指标各校均可量身定制。